基本的には、消化性潰瘍薬（胃酸の分泌を抑える薬）＋2種類の抗生剤を1週間内服する除菌治療があります。除菌治療中は下痢、腹痛、味覚異常、舌炎、口内炎、アレルギー（湿疹）などの副作用が心配されます。最近、抗生剤に対する耐性菌の出現による除菌率の低下のため初回除菌に失敗した場合は2次除菌治療を行う場合が増えています。また、除菌治療を行うことによって、大部分の潰瘍の再発が抑制されることがわかってきました。 ただし、絶対再発しないというわけではありません。